W romańskich i gotyckich założeniach wielonawowych, nawa boczna stanowi część przestrzeni kościoła, równoległą do nawy głównej i otwartą na nią (ewentualnie także na dalsze, sąsiednie nawy boczne).

Kamieńska katedra reprezentuje typ bazyliki trójnawowej. Oprócz nawy głównej posiada dwie, niższe nawy boczne: północną i południową. Przeciągający się czas budowy i zachodzące w jej trakcie zmiany stylistyczne, doprowadziły do wystąpienia istotnych różnic między nawami bocznymi.

Wszystko wskazuje na to, że jako pierwszą wzniesiono nawę północną. Dobudowano ją do już istniejącej nawy głównej i wzniesionego nieco wcześniej krużganku wirydarza, a więc pod koniec XIII lub na początku XIV wieku. Umiejscowienie w zachodniej ścianie, północnego przęsła transeptu, krętych schodów wiodących do pomieszczeń kanonickich, doprowadziło do znacznego zwężenia nawy. Tworzy ją sześć przęseł, zamkniętych czterodzielnymi sklepieniami, krzyżowo-żebrowymi. Żebra sklepienne posiadają zworniki ze sztucznego piaskowca z motywami roślinnymi i oparte są na wspornikach kostkowych, bądź figuralnych, znajdujących się na filarach międzynawowych i pomiędzy arkadami ściany północnej. W dobie protestantyzmu wszystkie żebra, zworniki i wsporniki sklepienne, były otynkowane. Dopiero po wojnie, w toku prowadzonych prac restauratorskich, przywrócono detalom architektonicznym pierwotną formę. Ślady tynków i pobiały widoczne są jednak do dnia dzisiejszego. W latach dziewięćdziesiątych XX wieku, zbito tynk z wnęk pomiędzy arkadami w ścianie północnej, odsłaniając wątek ceglany.

Od strony nawy głównej żebra sklepienne spływają na wsporniki figuralne, zaś od strony ściany zewnętrznej, na zespół wsporników i potrójnych, nadwieszonych służek. Nawę południową nakryto odrębnymi dla każdego przęsła, dachami poprzecznymi. Zamykające je, trójkątne wimpergii, tworzą dekoracyjną attykę, nadającą całej ścianie charakteru reprezentacyjnego. Powstała ona na początku XV wieku (prawdopodobnie jeszcze przed rokiem 1410). Twórcą, był najprawdopodobniej polski architekt, Henryk z Braniewa, lub strzecha budowlana pozostająca pod jego wpływem. Wyjątkowość tej kompozycji, wypływa z naprzemiennego rytmu szerokich, trójkątnych wimperg, rozdzielonych podwójnymi pinaklami z dodatkową, wąską wimpergą pomiędzy nimi.

Lekkości konstrukcji, nadają wysunięte przed główne wimpergi, niewielkie, przestrzennie potraktowane, ażurowe formy tabernakulowe. Za nimi rozwija się kompozycja, dwu półkoliście zamkniętych, dwudzielnych wnęk z rozetami oraz większą rozetą u góry z drobnym wypełnieniem powierzchni motywami czterolistnymi z glazurowanej cegły. Całość, wieńczy wyjątkowa wprost koronka glazurowanych sterczyn, maswerków, trójlistnych kwiatonów oraz glazurowany gzyms wieńczący.

W nawach bocznych znajdowały się liczne ołtarze fundowane przez cechy rzemieślnicze i bogate mieszczaństwo, z których tylko dwa zachowały się do naszych czasów. Przeprowadzając regotyzację wnętrza świątyni, postanowiono przywrócić im pierwotną lokalizację.

Pierwszy - znajdujący się obecnie w nawie południowej - zamykał pierwotnie kratę lektoryjną w transepcie. Bogato zdobiona nadstawa mieści w sobie dwa malowidła, wykonane techniką olejną na desce: Ostatnia wieczerza (w predelli) oraz Chrystus przed Piłatem (w szafie). Według historyków sztuki nieznany artysta, tworząc to przedstawienie, posłużył się znanym sztychem Rembrandta, kopiując go niemal idealnie. Drugi ołtarz z 1683 roku, zlokalizowany w nawie północnej, przeniesiono z pobliskiego kościoła św. Mikołaja. W szafie znajdowały się figury Maryi w otoczeniu świętych, bądź apostołów. Rzeźby poddano konserwacji, lecz do dnia dzisiejszego nie powróciły na swoje miejsce, które wypełniono współczesnym obrazem Matki Boskiej Częstochowskiej.

W nawie południowej znajduje się drugie wejście do świątyni. Wiedzie ono przez ostrołukowy portal, o bogato profilowanych, uskokowych ościeżach, wykonanych z kształtki ceramicznej. Drzwi dwuskrzydłowe z nadprożem, zwieńczone są nadświetlem o maswerkowym wypełnieniu, z motywem czteroliści i pentagramem. Nad portalem znajduje się dużych rozmiarów rozeta, o fazowanym i profilowanym ościeżu. Osadzone w niej okno witrażowe, przedstawia herb biskupstwa kamieńskiego; mitra, tarcza herbowa z krzyżem i dwa, skrzyżowane pastorały. Do nawy południowej dobudowano również kaplicę, o której szerzej w innym miejscu.