Prezbiterium, zwane też w architekturze zakonnej chórem, stanowi przestrzeń będącą przedłużeniem nawy głównej, przeznaczoną dla duchowieństwa, (gr. presbyteros - starszy, przełożony wspólnoty). Najczęściej otrzymywała ona plan kwadratu lub prostokąta, zamkniętego niejednokrotnie apsydą. W prezbiterium lokalizowano ołtarz główny sakrarium, piscinę, stalle, tron biskupi. Niejednokrotnie wydzielano prezbiterium wizualnie poprzez podwyższenie jego poziomu. W wygospodarowanej w ten sposób przestrzeni podprezbiterialnej lokalizowano krypty bądź kaplice. U schyłku romanizmu i w gotyku, prezbiterium obudowywano obejściem (ambit), połączonym z nim otwartymi arkadami. Do obejścia zaś przylegał często wieniec kaplic. Przestrzeń chórowa była też odgradzana od obejścia balustradą, a od nawy głównej lektorium. W architekturze karolińskiej spotyka się założenia dwuchórowe z chórem od wschodu i zachodu. Pierwszy przeznaczony był dla biskupa, drugi dla cesarza. W kościołach zakonów żeńskich spotkać można emporę chórową przeznaczoną dla konwetu, lokalizowaną naprzeciw prezbiterium.

Prezbiterium katedry kamieńskiej wybudowane zostało w pierwszej fazie budowy świątyni, na rzucie kwadratu zakończonego półokrągłą apsydą. Plan ten był prostą konsekwencją, przyjętego przez budowniczych, systemu wiązanego, tak charakterystycznego dla bazylik romańskich, w którym podstawową jadnostką proporcji jest kwadrat, wyznaczony przez krzyżujące się nawy, główną i poprzeczną. Ściany północna i południowa prezbiterium są grube, choć wykonane w cegle i w stylu wczesnogotyckim. Osadzono w nich po trzy pojedyncze okna w charakterystycznym dla gotyku układzie piramidalnym. Posiadają one rozglifione obustronnie ościeża, zamknięte łukiem ostrym, oraz skośne parapety. Prezbiterium zamknięte zostało sklepieniem krzyżowo-żebrowym. Wschodni wysklepek tego sklepienia opiera się na gurcie, który oddziela przestrzeń prezbiterium od zamykającej ją apsydy.

Ściany apsydy wyznaczające swym promieniem dokładny półokrąg, posiadają rząd wąskich, ostrołukowych, rozglifionych obustronnie okien w liczbie pięciu. Apsyda zwieńczona jest konchą w postaci ćwierćkuli, podzieloną przez wystające żebra na pięć wysklepków. Żebra te zakończone są wspornikami osadzonymi w murze pomiędzy oknami. W roku 1308 w wyniku pożaru katedry wywołanego przez atak Brandenburczyków, walący się szczyt wschodni zniszczył konchę apsydy. Po tym wydarzeniu wymurowano nową, a środkowe wysklepki pokryto polichromią. W czasach protestantyzmu polichromię tą zamalowano.

W latach 1938-1940 G. Hoffman (artysta malarz i konserwator) zdjął przemalowania na sklepieniu chóru i apsydy oraz przeprowadził rekonstrukcję znajdującej się na nich romańskiej polichromii. Usunął również gipsowe profile, a żebra sklepienne pokrył polichromią w postaci przewiązki wstęgowej. Żebra sklepienia prezbiterium wyobrażają konary, z których wyrastają gałęzie wielkiego ogrodu rajskiego. W podniebieniu gurtu Hoffman zastosował ornament roślinny z ośmioma popiersiami w medalionach. W środkowych wysklepkach apsydy zrekonstruował scenę ukrzyżowania, z dwoma żołnierzami (Longinusem i Stefatynem) oraz postacie Matki Boskiej Bolesnej i św. Jana Ewangelisty po bokach. Kolejne prace nad tą polichromią prowadzono w lipcu 1964 roku, stwierdzając, iż obecne malowidło jest przemalowaniem pierwotnego fresku. W trakcie tych prac, oczyszczono z przemalowań i tynków służki i laski w otworach okiennych apsydy i prezbiterium. Szczególnie ciekawie prezentują się wałki w zewnętrznych ościeżach okiennych apsydy. U dołu tworzą je proste lub skręcane w osi, glazurowane kolumienki, oparte na bazie i zakończone przewiązką. Apsyda obwiedziona jest gzymsem arkadowym i profilowanym cokołem. Przestrzenie okienne rozdzielają lizeny sięgające jedynie do 2/3 wysokości ściany. Ich nienaturalne urwanie świadczy o nagłej zmianie koncepcji, spowodowanej być może dłuższą przerwą w budowie na skutek najazdów lub zmianą strzechy budowlanej. Apsyda kryta jest ceramicznym dachem stożkowym. Ponad jego połacią znajduje się szczyt prezbiterium z trzema głębokimi blendami w układzie piramidalnym, zamkniętymi łukiem lekko ostrym. Nad blendą środkową znajduje się jeszcze jedna w formie niewielkiego krzyża łacińskiego.

Pierwotnie, poziom posadzki prezbiterium jak i posadzki w całej katedrze, był niższy od obecnego, nie wiadomo jednak czy posadzka prezbiterium była wyniesiona. Z całą pewnością prezbiterium oddzielone było od transeptu gotyckim lektorium, wspartym na ośmiu filarach. Wyodrębniało ono w katedrze oddzielne wnętrza: prezbiterium, w którym gromadzili się członkowie kapituły katedralnej na modlitwie brewiarzowej, oraz korpus nawowy, gdzie modlili się świeccy, czyli nieduchowni. Ołtarz umiejscowiony u góry empory lektoryjnej spinał te dwie części we wspólnej modlitwie. Lektorium zostało rozebrane w XVII wieku i zastąpione dekoracyjną ścianką lektoryjną, w której rzemieślnicy gdańscy umieścili w 1684 roku ozdobną, barokową kratę, o ornamencie wiciowym oraz cztery polichromowane sceny biblijne namalowane na płycinach ścianki. Po środku tej kraty umieszczono barokowy ołtarz. Jak mogło wyglądać to lektorium obrazuje przykład podobnego rozwiązania z katedry kołobrzeskiej. Niestety obydwa lektoria nie zachowały się do naszych czasów.

W prezbiterium znajdują się dwa przejścia prowadzące do zakrystii i kapitularza. Osadzone w nich romańskie portale datowane są na początek XIII wieku.

Szczególnie okazały jest portal północny. Ościeże w formie trójliścia przesklepione jest kształtką ceglaną. Archiwoltę portalu zdobi terrakotowy wałek z wijącym się wokół niego ornamentem roślinnym i glazurowaną przepaską. Klucz archiwolty stanowi terrakotowa głowa ludzka z wysuniętym językiem. Pełny łuk archiwolty wspiera się na terrakotowych, glazurowanych lwach, siedzących na kostkowych zwieńczeniach kapiteli dwu kolumienek, znajdujących się po obu stronach portalu. Jeden lew trzyma w pazurach sobola bądź jagnię, zaś drugi zwój papirusu. Bazy kolumienek znajdują się około 30 cm poniżej poziomu obecnej posadzki. Są one również glazurowane i posiadaja żabki na narożach. Cały ten portal został otynkowany i przemalowany w duchu protestantyzmu.

Drugi portal znajdujący się dokładnie po przeciwnej stronie, wprowadza do kapitularza - miejsca, w którym odbywały się posiedzenia kapituły katedralnej. Choć jest on analogiczny pod względem formy do pierwszego, to jednak w przeważającym procencie stanowi on rekonstrukcję pierwotnego portalu. Dokonane odkrywki pozwoliły stwierdzić, że zachowały się tylko dwie średniowieczne kolumienki. Kapitele oraz łuk archiwolty zrekonstruowano w terakocie w 1871 roku. Konserwatorzy postanowili więc go w pełni nie odkrywać, aby tym samym ukazać kontrast między założeniem pierwotnym, a późniejszymi zmianami polegającymi na całkowitym otynkowaniu tych portali.

Prezbiterium było również miejscem pochówku przedstawicieli rodziny książęcej - fundatorów tej świątyni. Spoczęli w nim między innymi: żona Bogusława IV - Małgorzata (+1320), Warcisław IV (+1326), Bogusław V Wielki (+1374), Bogusław VIII (+1418) i jego małżonka Zofia (+1448).

Wydawać się to może dziwne ale chrześcijanie od samego początku sprawowali Eucharystię na grobach swoich współwyznawców, a w mensach ołtarzowych umieszcza się do dnia dzisiejszego relikwie świętych. Dlatego też w prezbiterium stanowiącym nekropolię fundatorów umieszczano najczęściej ołtarz główny świątyni.

Z pośród dwudziestu czterech ufundowanych dla katedry kamieńskiej ołtarzy, do naszych czasów zachowały się tylko nieliczne. Znajdujący się w prezbiterium tryptyk jest jedynie nadstawą ołtarza z 1480 roku. W szafie środkowej przedstawia on scenę zaśnięcia, wniebowzięcia i koronacji Matki Bożej, na skrzydłach zaś męczeństwo św. Jana Chrzciciela i św. Faustyna - patronów katedry.

Kompozycyjnie ołtarz kamieński ma wiele wspólnego z ołtarzem kościoła mariackiego w Krakowie. Oba powstały mniej więcej w tym samym czasie. Analogie te jednak nie dowodzą jakiegokolwiek związku Kamienia z Wit Stwoszem, lecz ukazują jedynie ducha epoki. Kompozycja szafy środkowej składa się z trzech scen będących pewną czasową kontynuacją. Na samym dole przedstawiona jest grupa rozmodlonych apostołów będących świadkami zaśnięcia Maryji Panny.

Skrzydło lewe tryptyku (patrząc na ołtarz) przedstawia cztery sceny z życia św. Jana Chrzciciela.

- Narodziny Jana Chrzciciela.
- Chrzest udzielony Jezusowi w Jordanie.
- Uczta u Heroda Antypasa i podstęp Herodiady.
- Ścięcie Jana Chrzciciela.

Część centralna przedstawia moment wniebowzięcia. Maryja otoczona nimbem mandorli (aureoli), stoi na półksiężycu. Podtrzymywana jest przez cztery anioły unoszące Ją do nieba. Obok, po obu stronach, znajdują się dwie sześcioosobowe grupy. Dokładny obserwator rozpozna wśród nich Abrachama, Mojżesza, Dawida i proroków. Nad Matką Bożą znajduje się wyobrażenie Trójcy Świętej zasiadającej na tronie. Bóg Ojciec odziany w bogate szaty z koroną chawały na głowie, trzyma insygnia królewskie. Chrystus z narzuconą jedynie wierzchnia szatą i w koronie cierniowej, sprawia wrażenie jakby dopiero co zmartwychwstał i wniebowstąpił. Pośrodku zaś Duch Święty pod postacią gołębicy. Siedzące postacie trzymają koronę dla Wniebowziętej. Kompozycję zamykają muzykujący aniołowie, stojący po obu stronach trójosobowego tronu. Całość zwieńczona jest sklepieniem niebios w ażurowej i trójwymiarowej architekturze, która partycypuje w ikonografii niebieskiego Jeruzalem, czyli w Niebie Zbawionych. Ciekawym środkiem artystycznym są zmniejszające się ku górze rozmiary przedstawianych postaci i scen, dające właściwą perspektywę i w efekcie wrażenie odległości.

Skrzydło prawe przedstawia sceny męczeńskiej śmierci św. Faustyna - jednego z głównych patronów katedry.

Z ołtarzem nierozerwalnie związane były wnęki ścienne - sakraria. Lokalizowano je najczęściej w pobliżu ołtarza, najczęściej z boku, a w niektórych wypadkach z tyłu w szczytowej ścianie prezbiterium. Spełniały one funkcję podręcznych skarbców, w których przechowywano sprzęt liturgiczny i być może nawet Najświętszy Sakrament. Grube mury gotyckich kościołów, w połączeniu z zamykającą dostęp, solidną kartą, były najlepszą ochroną dla kosztownych naczyń, broniąc dostępu tym, którzy nie potrafiliby uszanować sacrum. Dzisiaj funkcję tą pełnią tabernakula. Ściany ketedry kryją wiele takich sakrariów, jednak najbardziej okazałym jest to zlokalizowane przy ołtarzu głównym w apsydzie prezbiterium.

W prezbiterium znajdują się również dwa mistyczne krucyfiksy - Drzewa Życia. Ikonografia Drzewa Życia rozwinęła się w drugiej połowie XIII wieku i wiązała się ściśle z kryzysem religijnym w epoce pokarolińskiej. Mnożące się sekty zasiewały ziarna wątpliwości w serca niewykształconych rzesz wiernych. Odpowiedzią Kościoła był ruch reformatorski ogniskujący się w misyjno-ewangelizacyjnej działalności zakonów żebraczych. W nowy nurt nauczania włączyła się też ikonografia, rozwijająca ujęcia syntetyzujące. Zasadnicza refleksja religijna koncentrować się zaczęła wokół realności życia, męki, śmierci, zmartwychwstania i wniebowstąpienia Chrystusa, znajdując często wyraz w symboliczno-alegoryczych interpretacjach poszczególnych momentów życia Jezusa.

Przykładem jest tu chociażby symbolika konstrukcji architektonicznej i wewnętrznego wystroju świątyń, a jednym z charakterystycznych zjawisk - nowy typ krucyfiksu, zwany Drzewem Życia. Były to reprezentacyjne, zwykle znacznych rozmiarów krzyże, najczęściej z figuralnym wyobrażeniem Chrystusa. Z martwego drzewa kaźni zaczęły wyrastać pąki, gałęzie i kwiatony, przez co cały krucyfiks kojarzył się z drzewem. Szczególną obfitość form tych krzyży można spotkać w krajach południowej Europy. Średniowieczne krzyże są bujnie rozgałęzione, bogato ozdobione kwiatonami i bardzo dekoracyjne. W Europie północnej widać większą powściągliwość.

Typową formą był na tych terenach krucyfiks z odrostami w postaci pąków i medalionami na zakończeniach drzewca, w których umieszczano symbole czterech ewangelistów. Wyjątek stanowi wspaniale ulistnione Drzewo Życia z kościoła św. Jakuba w Toruniu, z tym, że miejsce kwiatów zajęły wizerunki świętych. Sposób eksponowania we wnętrzu kościoła takiego krzyża był przemyślany. Tworzono nawet dla niego specjalną architekturę wnętrza w postaci lektorium, na którego emporze umieszczano krzyż i grupę pasyjną (Maryja ze św. Janem, po obu stronach krzyża). Krzyże takie znajdują się w katedrze kamieńskiej.

Pierwszy umieszczony na belce kraty lektoryjnej, zachwyca dziś swoim majestatem. Powstał on ok. 1480 roku. Belki pokryte są odrostami i zakończone medalionami. Nie mniej ciekawie prezentuje się krucyfiks umieszczony nad ołtarzem, z nienaturalnie powyginanym ciałem Chrystusa i medalionami na zakończeniu ramion. Najwspanialszym i jednocześnie najstarszym przykładem tego typu krzyży na terenie Pomorza Zachodniego, jest wielki krucyfiks z katedry kamieńskiej pochodzący z końca XIII wieku, a znajdujący się obecnie w Muzeum Narodowym w Szczecinie.

Jak już wspomnieliśmy prezbiterium przeznaczone było dla duchowieństwa, dlatego też w tej części umieszczano tron biskupi i stalle - reprezentacyjne, bogato rzeźbione (czasem nawet wielokondygnacyjne) miejsca, na których zasiadali kanonicy katedralni. Zapewne tron biskupi znajdował się na tylnej ścianie lektorium, na wprost ołtarza, a po jego obu stronach przed rokiem 1330 założono gotyckie stalle wykonane w drewnie dębowym. Liczba miejsc (po 12 z każdej strony) ma raczej znaczenie symboliczne i nie wydaje się by odzwierciedlała rzeczywistą liczebność kamieńskiego Prezbiterium, choć wiemy z przekazów źródłowych, że nie było ono małe. Każde z miejsc jest wydzielone, a wszystkie razem posiadają wspólny klęcznik.

W prezbiterium znajdują się również dwie gotyckie rzeźby powstałe ok. 1480 roku. Umieszczono je na konsolach nad bocznymi portalami. Pierwsza przedstawia św. Jana Chrzciciela, a druga św. Jana Ewangelistę.

Ozdobą tej części katedry są także dwa obrazy warsztatu L. Cranacha St. (sygn) - Droga na Golgotę i Ukrzyżowanie. Wykonane w 1528 roku techniką olejną na desce. Istnieje hipoteza, według której miałyby one stanowić część całej drogi krzyżowej przeznaczonej dla kamieńskiej katedry.