Transept, zwany też często nawą poprzeczną jest podstawowym elementem założenia bazylikowego. Stanowią go przęsła ustawione poprzecznie w stosunku do osi korpusu nawowego. W świątyniach budowanych na planie krzyża łacińskiego jest on transpozycją poziomej belki Krzyża Chrystusa. Transept jest również często przestrzenią oddzielającą chór dychownych (prezbiterium) od nawy lub naw, przeznaczonych dla świeckich. W rozbudowanych założeniach bazylikowych spotkać można transepty wielonawowe, zaś w założeniach dwuchurowych architektury ottońskiej dwa transepty - wschodni i zachodni.

Transept katedry kamieńskiej składa się z trzech przęseł: centralnego - krzyżującego się z nawą główną, oraz dwuch bocznych - północnego i południowego. W połowie swej wysokości wzniesiony jest w stylu romańskim a w połowie w gotyku. Granicę architektoniczną uwidacznia okalające transept obejście i ganki komunikacyjne powstałe w wyniku zmniejszenia grubości ścian, jak również częściowo użyty materiał. Ganki te przecinają filary i prowadzą do wejść na poddasza: transeptu, nawy głównej, kapitularzą, kruchty i zakrystii. Transept posiada sklepienie krzyżowo-żebrowe oparte na narożnych filarach i łukach tarczowych. Kryty jest dachem ceramicznym, dwuspadowym, zamkniętym od północy i południa dwoma szczytami z bogatą dekoracją w postaci blend, rozet i gzymsu. Charakterystyczny jest tu motyw trzech, niezespolonych ze sobą, ostrołukowych, rozglifionych okien, osadzonych w każdej ścianie transeptu w układzie piramidalnym.

W starych przewodnikach można spotkać się ze stwierdzeniem (rozpowszechnianym wciąż jeszcze przez niektórych przewodników), że na obejściach transeptu katedry kamieńskiej w czasach "ciemnogrodu" odbywały się sądy Boże. Źródłowego potwierdzenia tej "ideologicznej" tezy nigdzie jednak nie znajdziemy.

Przeciwnie, świątynia w średniowieczu była zawsze miejscem azylu dla przestępców i grzeszników. I to właśnie mury kościołów chroniły ich przed samosądem, dając jednocześnie czas do pokuty i nawrócenia. Miejscem rozstrzygania sporów i wydawania sądów biskupich był natomiast portal wejściowy.

Najstarsze chronologicznie jest przęsło północne transeptu. Stanowi go zachowana część pierwotnego założenia. Ściany północna i wschodnia wykonane z dokładnie obrobionych ciosów granitowych ułożonych w regularne warstwy, ukazują zarys trzyprzęsłowej bazyliki romańskiej wznoszonej na planie równoramiennego krzyża greckiego. Reliktem pierwotnego założenia jest również zachowany w doskonałym stanie portal północny stanowiący jedno z głównych wejść do świątyni. Przypuszcza się, że powstać mógł w pierwszej fazie budowy romańskiej bazyliki w latach 1175-1200. Wykonany z ciosów i klińców granitowych dokładnie obrobionych i spasowanych, jest najstarszym portalem romańskim na Pomorzu Zachodnim. Pełnił więc w architekturze granitowej tego regionu funkcję wzorcową. Posiada typowe dla portali romańskich schodkowe ościeża u dołu ukośnie profilowane i półokrągłą, również uskokową archiwoltę.

Ciekawym elementem są oporniki umieszczone u nasady archiwolty, utworzone z bloków graniastosłupowych, ściętych ukośnie u dołu. Podobny, a może nawet bliżniaczy portal miał się znajdować w ścianie południowej transeptu. Świadczą o tym zachowane ciosy granitowe wykorzystane później jako fundament nowego portalu. Trudno powiedzieć w jakiej fazie realizacji zrezygnowano z pierwotnego założenia.

Nowy portal powstał około roku 1250. Przy jego wznoszeniu wykorzystano, nowatorski jak na tamte czasy, materiał: cegłę, kształtkę glazurowaną oraz sztuczny kamień wapienny. Relikty granitowe zachowały się tylko w partii fundamentowej. Jest on przykładem portalu uskokowego z archiwoltą i tympanonem. Jego podstawę stanowi ośmiouskokowy cokół ceglany przechodzący w czterouskokowe ościeża. W uskokach znajdują się trzy kolumienki z glazurowaną bazą, przewiązką i głowicą wczesnogotycką zbliżoną kształtem do korynckiej (pączkową lub liściastą). Archiwolta posiada również ornament roślinny. Pierwotnie w archiwolcie znajdował się jeszcze tympanon ze sceną Adoracji Baranka, którą umieszczono później wewnątrz blend w szczycie południowym transeptu, a następnie na zachodniej ścianie kruchty. W czasach protestantyzmu portal ten jak i całe wnętrze katedry pokryto nowym tynkiem i pobiałami. Również portal południowy otynkowano.

W latach 1962- 1963 podczas prac konserwatorskich usunięto tynki i pobiały przywracając portalowi pierwotną formę. Wtedy też na wschodnim ościeżu odkryto gmerki (znaki cechowe) strzechy budowlanej wznoszącej portal.

W przęśle północnym transeptu, w jego centrum, znajduje się wczesnogotycka chrzcielnica z przed 1330 roku, wykonana z granitu z charakterystycznym gotyckim ornamentem. W roku 1685 otoczono ją bogatą, barokową kratą kurtynową, fundacji ostatniego tytularnego biskupa kamieńskiego, księcia Ernesta Bogusława de Croy.
Podczas prac konserwatorskich we wschodniej ścianie północnego skrzydła transeptu, natrafiono na zamurowane wnęki. Pierwsza składa się z dwuch kondygnacji; górnej, gotyckiej, zamkniętej ostrołukiem i dolnej, przesklepionej łukiem odcinkowym, stanowiącej wejście do grobowca. Na bocznych ścianach i podłuczu wnęki gotyckiej, odsłonięto malowidła wykonane w technice temperowej, przedstawiające postacie anielskie (półpostacie) w XVII wiecznych tondach, ornamentowanych wicią roślinną. Dolna wnęka stanowiła wejście do nieistniejącego już dzisiaj, barokowego grobowca rodziny Gebrarda Rabenera, radcy dworu książęcego, w którym spoczęły szczątki ojca rodziny, jego żony i trzech synów. Na wysklepku tego wejścia widnieją dwa dobrze zachowane putta żałobne. Obecnie wejście to jest zamurowane, a w jego wnętrzu umieszczono szczątki książąt i biskupów, przeniesione ze skarbca. Na samym dnie wnęki dostrzec można granitowy stopień schodów, którymi schodzono do grobowca. Druga wnęka o kształcie absydialnym umieszczona została centralnie w ścianie wschodniej.

Katedra kamieńska od samego początku swego istnienia była nie tylko miejscem kultu, stała się również nekropolią kryjącą w sobie liczne szczątki książąt i biskupów. Umieszczano je, nie w specjalnie do tego celu przeznaczonej podziemnej krypcie, lecz w grobowych niszach wymurowanych wprost pod posadzką. Miejsce pochówku zamykano od góry wapienną lub granitową płytą nagrobną. Podczas remontu katedry, a szczególnie w trakcie prac nad instalacją grzewczą (1912), której kanały biegną na różnych poziomach przez prezbiterium, transept i nawę, wiele krypt zniszczono bezpowrotnie, a resztę przykryto obecną posadzką. Pozostałością po tej książęco-biskupiej nekropoli są płyty nagrobne umieszczone w krużgankach wirydarza.

Jedną z nich - najlepiej zachowaną - znajdziemy przy zachodniej ścianie północnego przęsła transeptu. Ta wapienna, prostokątna, inkrustowana metalowymi wkładkami płyta, pochodzi z krypty prepozyta kapituły katedralnej Markwarda Trallowa (+ 1368). Nie zatarte jeszcze rytowane przedstawienie, wyobraża zmarłego duchownego stojącego w rozbudowanym obramieniu architektonicznym. Smukła w proporcjach postać z odkrytą głową, ubrana jest w szaty liturgiczne. Lewą dłonią podtrzymuje duży kielich, prawą natomiast czyni znak błogosławiństwa. Pod głową postaci dostrzec można poduszkę, nadającą jej typowy dla średniowiecznych nagrobków stan leżąco-stojący. Ramę dla przedstawienia figuralnego stanowi ostrołukowa arkada z inskrypcją, zwieńczona wimpergą, z tłem wypełnionym szeregami niewielkich rombów. Arkada flankowana jest rodzajem filarków czy wieżyczek, których elewacje rozczłonkowane zostały trzema kondygnacjami dwudzielnych maswerkowych blend z rozetkami i wimpergami. Wzdłuż krawędzi płyty widoczne są ślady po spiżowych listwach inskrypcyjnej bordiury, przerywanej na narożach kolistymi medalionami. Z tego złotego w odcieniu metalu wykonane były poduszka, humerał, manipularz, stuła, listwy bordiury.

Jeszcze do niedawna ozdobą transeptu był barokowy ołtarz pochodzący z 1673 roku. Pierwotnie znajdował się on w kościele parafialnym w Trzęsaczu. Wykonawcą jego był Joahim Sellin z Wolina. Do chwili zamknięcia kościoła w Trzesaczu (sierpień 1874 r.) pełnił on tam funkcję ołtarza głównego. Obecnie po odbudowaniu poewangelickiego kościoła w Trzęsaczu ołtarz powrócił na swoje miejsce.

Wykonany jest w formie architektonicznej oprawy sceny ukrzyżowania. Kompozycja ta złożona z rzeźb: Chrystusa, łotrów, Maryi i św. Jana oraz stanowiący dla niej tło obraz olejny przedstawiający orszak gapiów, jest ciekawą próbą stworzenia trójwymiarowego przedstawienia pasyjnego. W predelli ołtarza umieszczono płaskożeźbę Ostatniej Wieczerzy, a w zwieńczeniu Chrystusa i Boga Ojca z berłem i koroną, zasiadających na tronie chwały. Bogata jest też ornamentyka roślinna. Niestety przed kilku laty ołtarz ten został okradziony z czterech rzeźb znajdujących się na poziomie predelli. Jeszcze raz potwierdza się prawda, że największym zagrożeniem dla dzieł sztuki nie są wcale siły natury ale bezmyślny człowiek ogarnięty chciwością.