We wczesnochrześcijańskiej i bizantyjskiej architekturze sakralnej, na wschodnim końcu naw bocznych, dobudowywano pomieszczenia - pastoforia - (prothesis i diakonikon), przeznaczone dla diakonów i do przechowywania sprzętów liturgicznych. Aneksy te, razem z chórem, tworzyły często trójdzielną całość. Z czasem przyjęła się łacińska nazwa zakrystia (sakristia od łc. sacer - święty), na oznaczenie wydzielonego pomieszczenia w kościele, służącego do przechowywania sprzętów i szat liturgicznych oraz przygotowywania się służby liturgicznej. Najczęściej zakrystia przylega do prezbiterium i jest z nim połączona przejściem. Czasem posiada także osobne, zewnętrzne wejście.

Wbrew pierwotnym założeniom - pod koniec XII, względnie na początku XIII wieku - do istniejącego już korpusu prezbiterium dobudowano pomieszczenie kaplicy biskupiej (obecnej zakrystii). Dwuprzęsłową przestrzeń wydzieloną gurtem i lizenami, nakryto sklepieniem krzyżowo-żebrowym i dachem pulpitowym. Od wschodu zamknięto trójboczną apsydą - od wnętrza półokrągłą - z trzema wąskimi okienkami, których liczba symbolizuje Trójcę Świętą (okno środkowe zamurowano w XIX wieku).

W ścianie południowej przebito wejście do prezbiterium i założono w nim romański portal. Obiekt ten nie jest więc reliktem kościoła ottonowego, jak sądzono wcześniej, lecz kaplicą biskupią, wzniesioną przy północnej ścianie prezbiterium. Wskazują na to pozostałości gzymsu i lizeny, zdobiące zewnętrzną ścianę prezbiterium.

Apsydę oddzielono od wnętrza gurtem, opierającym się na dwóch terakotowych wspornikach. Wyobrażają one przykucniętych, odzianych w tunikę lub albę mężczyzn, podtrzymujących sklepienie. Gurt stanowiący oparcie dla półkolistej konchy apsydy, pokryty jest freskiem geometrycznym. Po lewej stronie apsydy znajduje się zamurowane sakrarium służące do przechowywania naczyń liturgicznych i Najświętszego Sakramentu.

Podobnie prezentuje się gurt międzyprzęsłowy. Spoczywa on jednak na ceglanym, profilowanym wsporniku, stanowiącym kompozycyjną całość z ceglanymi wspornikami żeber sklepiennych. Wspornik ten przechodzi następnie w lizenę spływającą na posadzkę. Gurt pokryty jest w całości polichromią geometryczną.

Kwadratowe przęsła wieńczy sklepienie krzyżowo-żebrowe. Żebra sklepienne i częściowo wysklepki pokryte są freskami. Ornamentyka roślinna stanowi tło dla przedstawień zwierząt i postaci ludzkich. Najbardziej wyraźne są wyobrażenia gryfów umieszczone nad apsydą oraz dwa bazyliszki(?) nad wejściem do prezbiterium. W przęśle drugim, w miejscu zwornika, znajduje się okrągły otwór wentylacyjny. W latach 2002-2003 sklepienia zostały odnowione przez pracowników naukowych i studentów, Instytutu Zabytkoznawstwa i Konserwatorstwa Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu.

Pomieszczenie kaplicy adoptowano na zakrystię. Być może w przyszłości zostanie ona przeniesiona do kapitularza a kaplica powróci do spełniania swych pierwotnych funkcji.